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脈動真空蒸汽滅菌器對冷空氣排出比較徹底，一般脈動三次，每次脈動-80Kpa以下，從而使滅菌室內排出冷空氣達到99%以上，滅菌室內溫度一致性高，內室抽空，夾層保持一定壓力溫度，還能使滅菌物品干燥。避免二次感染。故而廣泛應用于耐熱、耐濕物品滅菌。
如何保證滅菌的有效性呢？
第一，被滅菌物體在滅菌前須經清洗處理 。被滅菌物體在滅菌前的清潔處理是滅菌成功的關鍵，尤其是一些比較難清洗的醫療用品更是如此，國外曾研究發現徹底的清潔可以降低3―4個對數的細菌量，達到降低有機物的含量的作用；如果不能有效地清除有機物等污染物，它會大大降低滅菌劑的活性，躲藏在有機物內的細菌不易被滅菌劑殺死；因此如果清潔不徹底，整個滅菌過程可能失敗。必須注意的是，不能通過延長滅菌時間和提高滅菌劑的溫度來降低清潔要求；為了便于有效地將有機物去除，最好采用含酶清潔劑，以加強清潔的效果。清洗有手工清洗和機器清洗。手工清洗費時費力，不能保證每一次清洗的一致性。此外手工清洗時滅菌醫務人員必須戴防水口罩、眼罩、手套、套袖、帽子、防水鞋、圍裙等；機器清洗則投資大，但可以保證清洗的一致性；但必須注意的是；機器清洗并不能全部代替手工清洗，對于某些管道、精密儀器和較難清洗部位必須手工清洗；此外對于清洗設備必須經常清洗和保養以免機器清洗失敗。
第二，蒸汽源的質量 。飽和蒸汽和蒸汽干燥度是滅菌成功的重要條件之一。飽和蒸汽的含量不得低于97%。也就是說，蒸汽源中所含的水微粒或不潔凈物應低于3%。否則容易引起濕包現象，導致滅菌失敗。
第三，水源的控制 。 水的硬度分為兩類：其一，暫時硬度，主要由鈣、鎂的重碳酸鹽等形成；其二，主要由鈣與鎂的硫酸鹽、硝酸鹽及氯化物等形成的硬度，它不能用煮沸的方法去除，故又成為永久硬度。因為消毒滅菌器設備長期處于濕熱的條件下工作，水中的雜質如溶解氧、二氧化碳、硫化氫、氯化物等等，無論是氣態或微粒，均能引起不銹鋼和金屬產生晶間腐蝕。因此要求消毒滅菌器設備的供水和供汽的PH值在7-7.8之間，鍋爐用水和消毒滅菌器設備用水必須進行軟化水處理。
第四，水溫和水壓的要求。 滅菌器真空性能的好壞取決于真空泵的性能，真空泵以水作為介質，對水溫和水壓都有要求。水溫對真空度的影響極大，水溫要小于25度，水壓在0.2-0.4MPa。
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